Anche i conti deposito aperti presso una delle Banche di Credito Cooperativo, o presso le Casse Rurali, sono sicuri. La loro rete di salvataggio in caso di fallimento dell'istituto si chiama Fondo di Garanzia dei Depositanti (FGD).
Tutti gli istituti in questione - che rivolgono la loro offerta commerciale principalmente al territorio in cui sono insediate e hanno uno spirito mutualistico finalizzato allo sviluppo delle attività economiche locali - sono obbligate per legge ad aderirvi, esattamente come succede alle altre banche con il Fondo Interbancario di Tutela dei Depositi (FITD).
Anche il FGD rimborsa fino a 100 mila euro per ogni depositante se si verifica il default della banca. La differenza rispetto agli altri istituti sta nel fatto che la rete del Credito Cooperativo aveva già provveduto all'istituzione di un fondo di sicurezza nel 1978, chiamato Fondo Centrale di Garanzia (poi trasformato nell'attuale FGD). L'esistenza e il buon funzionamento di questo strumento hanno esonerato le Banche di Credito Cooperativo dall'adesione obbligatoria al FITD, datata 1997.
Il Fondo di Garanzia dei Depositanti, riconosciuto dalla Banca d'Italia, interviene con forme di sostegno integrative non solo nei casi di insolvenza, bensì anche in situazione di più generica difficoltà delle banche del Credito Cooperativo. In questi casi non è necessario che vengano attivate le procedure di amministrazione straordinaria né quelle di liquidazione coatta amministrativa, ma è sufficiente che l'istituto in crisi "lanci un sos".